MII mengadakan Kongres Masyarakat Iktiologi Indonesia pertama pada tanggal 23 Oktober 2002 di Gedung Kusnoto, Puslit Biologi LIPI, Bogor. Kongres MII pertama ini memilih Bapak Dr. Soetikno Wirjoatmodjo (Alm.) sebagai Ketua MII periode 2002-2006;
Empat tahun kemudian, tepatnya pada tanggal 30 Agustus 2006 di Jatiluhur, MII mengadakan Kongres Masyarakat Iktiologi Indonesia yang kedua. Kongres MII kedua ini memilih Bapak Dr. M.F.Rahardjo sebagai Ketua MII periode 2006-2010.
Pada tahun 2010, bertepatan dengan satu dasawarsa umur MII, diadakan Kongres Masyarakat Iktiologi Indonesia ketiga dalam momentum Seminar Nasional Ikan VI pada tanggal 9 Juni 2010 di Gd. Widyasatwaloka, Puslit. Biologi LIPI Cibinong. Pada kongres ini Bapak Prof. Dr. M. F. Rahardjo dipercaya kembali untuk memimpin MII dalam periode kepengurusan 2010-2014.
Estafet kepemimpinan MII beralih dari Bapak Prof. Dr. M. F. Rahardjo kepada Bapak Prof. Dr. Ir. Sulistiono, MSc pada saat pelaksanaan Kongres MII IV di Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan IPB pada tanggal 4 Juni 2014. Bapak Prof. Sulistiono memimpin gerak langkah dan roda organisasi MII sampai dengan tahun 2018 yang akan datang.