Masyarakat Iktiologi Indonesia (MII) sebagai lembaga swadaya masyarakat yang bersifat profesi yang berorientasi kepada usaha-usaha pengembangan konservasi keanekaragaman ikan di Indonesia, senantiasa menjalin kerjasama dengan berbagai instansi terkait di bidang perikanan. Kerjasama yang sudah pernah dilakukan antara lain:
MII Mendukung pelaksanaan Seminar Nasional IV Hasil Penelitian Perikanan dan Kelautan tanggal 28 Juli 2007 yang diadakan oleh Jurusan Perikanan, Fakultas Pertanian, UGM, Yogyakarta.
MII Mendukung pelaksanaan Forum dan Seminar Pemacuan Sumberdaya Ikan I tanggal 17 November 2007 di Purwakarta yang diadakan Loka Riset Pemacuan Stok Ikan, PRPT, DKP
MII Mendukung pelaksanaan Indonesian Aquaculture 2008 tanggal 17-20 November 2008 di Yogyakarta yang diadakan oleh Direktorat Jenderal Perikanan Budidaya, DKP
MII Mendukung pelaksanaan Round Table Forum Nasional Pemacuan Sumberdaya Ikan tanggal 25 Juni 2009 di Purwakarta yang diadakan oleh Loka Riset Pemacuan Stok Ikan, PRPT, DKP
MII Mendukung pelaksanaan Forum Nasional Pemacuan Sumberdaya Ikan tanggal 24 Oktober 2009 di Purwakartayang diadakan oleh Loka Riset Pemacuan Stok Ikan, PRPT, DKP