Sejak berdiri pada tanggal 6 Juni 2000, Masyarakat Iktiologi Indonesia (MII) secara konsisten mengadakan Seminar Nasional Ikan setiap dua tahun, bertujuan untuk bertukar informasi/pengetahuan, pengalaman, diskusi, koreksi/ saran dan koordinasi dalam kegiatan penelitian maupun pengelolaan ikan antar para pakar/peneliti, praktisi, pemerhati, dan pengambil kebijakan demi meningkatkan potensi, pengembangan dan pemanfaatan ikan di Indonesia secara berkelanjutan serta meminimalkan kepunahan ikan di Indonesia.
Seminar Nasional Ikan II pada tanggal 22 – 23 Oktober 2002 di Gedung Kusnoto, Puslit. Biologi LIPI, Bogor. Dalam pelaksanaan seminar, MII bekerjasama dengan Pusat Penelitian Biologi LIPI dan Pusat Studi Ilmu Hayati LP-IPB. Pada saat bersamaan dilaksanakan Kongres MII yang pertama. Terpilih sebagai ketua adalah Dr. Soetikno Wirjoatmodjo (alm.);
Seminar Nasional Ikan III pada tanggal 7 September 2004 di Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan IPB Bogor. Dalam pelaksanaannya MII bekerjasama dengan Pusat Biologi Penelitian LIPI, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan IPB, dan Ikatan Sarjana Perikanan Indonesia (ISPIKANI);
Seminar Nasional Ikan IV pada tanggal 29 – 30 Agustus 2006 di Jatiluhur. Dalam pelaksanaannya MII bekerjasama dengan Loka Riset Pemacuan Stok Ikan, BRKP- DKP, Pusat Penelitian Biologi LIPI, dan Departemen Manajemen Sumberdaya Perairan FPIK-IPB. Pada saat bersamaan dilaksanakan Kongres MII yang kedua. Terpilih sebagai ketua adalah Dr. M. F. Rahardjo;
Seminar Nasional Ikan V pada tanggal 3 Juni 2008 di IPB International Convention Center, Bogor. Dalam pelaksanaannya MII bekerjasama dengan Loka Riset Pemacuan Stok Ikan, BRKP- DKP, Pusat Penelitian Biologi LIPI, Pusat Penelitian Oseanografi LIPI, dan Departemen Manajemen Sumberdaya Perairan FPIK-IPB;
Seminar Nasional Ikan VI dan Kongres MII III dilaksanakan pada tanggal 8 – 9 Juni 2010 di Puslit. Biologi LIPI Cibinong. Seminar dan kongres ini terselenggara atas kerjasama MII dengan Puslit. Biologi LIPI Cibinong, Balai Riset Pemuliaan Sumberdaya Ikan, BRKP-KKP, Balai Riset Perikanan Budidaya Air Tawar, BRKP-KKP, serta mendapatkan dukungan dari REAKON, IRATA, CV. Maju Akuarium, IWF dan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, USNI. Pada saat kongres ini terpilih Bapak Dr. M. F. Rahardjo sebagai Ketua MII untuk periode 2010-2014.
Seminar Nasional Ikan VII dilaksanakan di Makassar pada tanggal 12 Juni 2012 dengan mengangkat tema “Keanekaragaman ikan: Konservasi dan pengelolaan bagi kesejahteraan masyarakat pesisir”. Seminar ini terselenggara berkat kerjasama MII dengan Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan, Universitas Hasanuddin dan Pusat Penelitian Biologi LIPI.
Seminar Nasional Ikan VIII dan Kongres Masyarakat Iktiologi IV dilaksanakan pada tanggal 3-4 Juni 2014 di Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan IPB. Seminar ini mengangkat tema “Peningkatan Pengelolaan Sumber Daya Ikan dalam Menunjang Pembangunan Industri Perikanan Nasional”. Seminar dan Kongres terselenggara dengan baik berkat adanya kerjasama antara Masyarakat Iktiologi Indonesia dengan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, IPB, Pusat Penelitian Biologi, LIPI, Pusat Penelitian dan Pengembangan Perikanan Budi Daya, Badan Litbang Kelautan dan Perikanan, KKP. Kongres MII IV ini memilih Prof. Dr. Sulistiono, M.Sc sebagai Ketua MII untuk periode 2014-2018.
Seminar Nasional Ikan IX dilaksanakan pada tanggal 24 Mei 2016 di Sekolah Tinggi Perikanan (STP), Pasar Minggu, Jakarta. Tema seminar yang diusung adalah “Membangkitkan potensi keanekaragaman ikan sebagai aset bangsa melalui pengembangan dan pemanfaatan sumber daya ikan secara lestari”. Seminar terselenggara dengan baik berkat kerjasama antara Masyarakat Iktiologi Indonesia dengan Pusat Penelitian dan Pengembangan Perikanan Budi Daya, Badan Penelitian & Pengembangan KP, KKP, Puslit. Biologi LIPI, Sekolah Tinggi Perikanan, dan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan IPB.
Seminar Nasional Ikan X dan Kongres MII V direncanakan akan dilaksanakan pada bulan Mei 2018 di Bogor.